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Au sein de ses tutelles L’UMR AMURE est rattachée au Département Ressources Biologiques et Environnement de l’Ifremer, au CNRS à l’Institut Écologie & Environnement (InEE) et l’Institut des Sciences Humaine et Sociales (InSHS), et à l’IRD au département scientifique OCEAN “Ressources océaniques”
L’unité est également membre de l’OSU-IUEM : Observatoire des Sciences de l’Univers – Institut Universitaire Européen de la Mer.